Это два разных имущественных вычета, которые можно получать одновременно. Основной вычет — на стоимость жилья, его лимит 2 млн рублей, возврат до 260 тысяч, и неиспользованный остаток лимита разрешено переносить на другие объекты в будущем. Вычет по процентам — на проценты по ипотеке, лимит 3 млн рублей, возврат до 390 тысяч.
Ключевое отличие: вычет по процентам предоставляется только по одному объекту за всю жизнь, и если лимит не выбран полностью, остаток на другую ипотеку не переносится — он просто сгорает. Поэтому крупный вычет по процентам выгоднее заявлять по тому кредиту, где проценты максимальны.